Tematyka lalek japońskich była i jest praktycznie nieograniczona. W obrębie niektórych typów oscyluje wokół pewnych konkretnych motywów – na przykład większość nara ningyō przedstawia albo motywy z teatru nō, albo tancerzy bugaku, albo bóstwa, szczególnie z panteonu Siedmiorga bóstw szczęścia (shichifukujin); kaga ningyō przedstawiają albo strażaków tobi, albo taniec shishimai. Z kolei jedyna tematyka uji ningyō to uprawa i zbiór herbaty. Takie sytuacje są jednak rzadkością; większość typów lalek przedstawia bardzo różnorodną tematykę, ze szczególnym uwzględnieniem swoich technicznych możliwości – np. kimekomi ningyō, ponieważ pozwalają na bardzo plastyczne przedstawianie szczegółów ubioru i sposobu jego układania się na ciele, nawet w ruchu, z reguły przedstawiają postaci w bogatych, pięknych strojach – kobiety w kimonach, arystokratów, aktorów itd. Prawdopodobnie najbardziej różnorodne pod względem tematyki są kokeshi, a to z tego względu, że ich kreatywna odmiana (shingata / sōsaku kokeshi) częściowo nastawiona jest na kolekcjonerów zachodnich, a także młodych Japończyków. Stąd znajdziemy tu nie tylko motywy rodzime i tradycyjne, ale i całkiem współczesne, jak Gwiezdne wojny, święty Mikołaj czy postaci Disneya.

Najobficiej korzystano z rodzimej kultury, zarówno tej wysokiej (arystokracja, teatr nō), jak i mieszczańskiej (japoński demimonde związany z dzielnicami rozkoszy, teatr kabuki, a także życie codzienne), oraz z wierzeń i legend.